Troféu bem mais fácil do que parece. Deixo link de um vídeo abaixo para ajudar!
Consegui o troféu ao desbloquear Capitol City, onde copiei os 2 últimos NPCs que faltavam para chegar a 40. Neste vídeo, o cara chegou a 45. Isso quer dizer que há uma margem de 5 personagens que você pode perder sem precisar dar New Game.
Depois de desbloquear a habilidade de copiar identidades, volte para a fazenda da Missão 1 e copie os 3 NPCs que tem lá: 1) Fazendeiro (mas pode ser encontrado em outro mapa); 2) Uma senhora (tipo a esposa do fazendeiro na primeira cutscene); 3) Uma mulher jovem que tem um cérebro que vale 50 DNAs. Pegando esses três, você pode desbloquear o troféu antes do que esse vídeo.