O jogo possui 9 missões secundárias que são necessárias para a conquista do troféu. Essas missões ficam disponíveis no submarino e vão surgindo aos poucos conforme você avança na história. Elas ficam marcadas no mapa como pontos de interesse no formato de uma lupa. Para que a missão seja contabilizada, você deve conversar com o personagem indicado, concluir a tarefa e voltar para conversar com o personagem novamente. Todas elas podem ser realizadas depois de concluir a história do jogo.
1- Alimentar Rosa Você deverá interagir com a porca, que pode ser encontrada em um chiqueiro próximo à área dos dormitórios, para saber que ela está com fome. Em seguida, você deverá encontrar algumas batatas, que estão em um depósito perto da cantina, e voltar para alimentá-la.
2- Destruir as Tábuas Sumérias Esta missão é dada por Maya Gilliam, que pode ser encontrada na mesma sala do mapa com acesso aos distritos, subindo as escadas à esquerda. Você deverá destruir 3 tábuas sumérias que são encontradas dentro do trem no Distrito Subterrâneo em Roswell.
3- Salvar o Primo Dimitri Esta missão é dada por Hércules Leclercq, que pode ser encontrado no andar de cima do laboratório de Set Roth. Você deverá encontrar o primo Dimitri, que está no Distrito do Oberkommando em Vênus.
4- Sabotar as Unidades de Fitas Magnéticas Esta missão é dada por Laney, que pode ser encontrada na sala dos hackers. Você deverá destruir as 3 unidades de fitas magnéticas, que estão no Distrito do Abrigo Nuclear em Manhattan.
5- Encontrar as Ombreiras de Ataque Este dispositivo de combate pode ser adquirido durante a história do jogo ou pode ser encontrado posteriormente no Distrito da Rua Bienville em Nova Orleans.
5.1- Limpar as Obstruções das Entradas da Sala de Armazenamento Esta missão é dada por Ritva Tuomivaara, que pode ser encontrada no elevador da área principal do submarino, depois que você adquirir as ombreiras de ataque. Você deverá destruir todas as caixas usando as ombreiras para liberar o acesso à sala de armazenamento para a personagem.
6- Encontrar o Locomotor de Batalha Este dispositivo de combate pode ser adquirido durante a história do jogo ou pode ser encontrado posteriormente no Distrito do Transporthalle em Vênus.
6.1- Incapacitar o Sr. Stubbins Esta missão é dada por Irina Yakova, que pode ser encontrada no corredor antes do clube que fica no andar acima da cantina, depois que você adquirir o locomotor de batalha. Você deverá passar por todas as armadilhas do Sr. Stubbins usando o locomotor e neutralizá-lo no final.
7- Encontrar a Armadura Compressora Este dispositivo de combate pode ser adquirido durante a história do jogo ou pode ser encontrado posteriormente no Distrito do Abrigo Nuclear em Manhattan.
7.1- Desligar o Gás na Sessão 66G Esta missão é dada por Habib Ismail, que pode ser encontrado no corredor antes da cantina, depois que você adquirir a armadura compressora. Você deverá acessar a sessão 66G usando a armadura e parar o vazamento de gás.
8- Ajudar Demont a Resolver o Problema do Rato Esta missão é dada por Demont Conway, que pode ser encontrado em um dos corredores do submarino próximo à área dos dormitórios. Você deverá levantar a caixa e deixar o rato fugir no depósito ao lado, à sua esquerda.
9- Brinquedos do Max Esta missão é dada por Gizela Balog, que pode ser encontrada no corredor principal do submarino. Você deverá encontrar os 15 brinquedos do Max que estão escondidos nos distritos. Cada distrito possui 1 brinquedo.
