Será necessário obter rank S em todas as missões, tanto Main Ops quanto Extra Ops. Uma determinada missão ao ser completada irá liberar outra. Segue a listagem das missões:
Main Op 01 - 26 - Missões relacionadas a história. Serão abertas normalmente Main Op 27 - 32 Serão liberadas depois de completar a Main Ops 026 e várias Extra Ops. Main Op 33 Será necessário completar o Metal Gear ZEKE (todas as main parts e as optional parts Jet Pack e Railgun). A Mother Base também precisará estar um pouco mais desenvolvida, e para isso será necessário aumentar o level das equipes. Fique atento quando Kaz te chamar e falar que Zardonov escapou novamente, sendo que desta vez nenhuma Main Ops nova aparecerá. Ele está escondido na Extra Ops 001 no andar superior.
Extra Op # - Complete this mission to unlock. 001 - Main Op 02 002 - Main Op 07 003 - Extra Op 01 004 - Extra Op 02 005 - Main Op 03 006 - Main Op 04 007 - Main Op 10 008 - Main Op 27 009 - Main Op 33
010 - Main Op 01 011 - Main Op 06 012 - Main Op 08 013 - Main Op 14 014 - Main Op 26 015 - Main Op 27 016 - Main Op 29 017 - Main Op 32 018 - Main Op 09 019 - Main Op 28
020 - Extra Op 44 021 - Main Op 29 022 - Extra Op 14 023 - Main Op 33 024 - Extra Op 23 025 - Extra Op 105 026 - Extra Op 70 027 - Extra Op 26 028 - Main Op 11 029 - Main Op 17
030 - Main Op 05 031 - Main Op 18 032 - Extra Op 103 033 - Main Op 29 034 - Main Op 31 035 - Main Op 28 036 - Main Op 31 037 - Extra Op 91 038 - Main Op 22 039 - Main Op 28
040 - Main Op 30 041 - Extra Op 44 042 - Extra Op 76 043 - Main Op 32 044 - Main Op 33 045 - Main Op 33 046 - Extra Op 45 047 - Extra Op 102 048 - Extra Op 47 049 - Extra Op 91
050 - Extra Op 75 051 - Main Op 12 052 - Main Op 15 053 - Main Op 16 054 - Main Op 20 055 - Extra Op 89 056 - Extra Op 08 057 - Main Op 30 058 - Main Op 33 059 - Extra Op 57
060 - Main Op 31 061 - Extra Op 58 062 - Extra Op 92 063 - Main Op 30 064 - Main Op 33 065 - Extra Op 64 066 - Extra Op 09 067 - Main Op 26 068 - Extra Op 119 069 - Main Op 10
070 - Extra Op 25 071 - Extra Op 33 072 - Extra Op 104 073 - Extra Op 66 074 - Extra Op 63 075 - Extra Op 49 076 - Main Op 27 077 - Extra Op 41 078 - Extra Op 60 079 - Extra Op 55
080 - Main Op 17 081 - Extra Op 96 082 - Extra Op 40 083 - Extra Op 50 084 - Extra Op 59 085 - Main Op 33 086 - Main Op 29 087 - Extra Op 65 088 - Main Op 15 089 - Extra Op 20
090 - Extra Op 56 091 - Extra Op 48 092 - Extra Op 61 093 - Extra Op 21 094 - Extra Op 27 095 - Extra Op 19 096 - Main Op 33 097 - Extra Op 43 098 - Extra Op 37 099 - Extra Op 34
100 - Extra Op 62 101 - Extra Op 17 102 - Extra Op 46 103 - Main Op 26 104 - Main Op 33 105 - Extra Op 24 106 - Extra Op 35 107 - Extra Op 73 108 - Extra Op 36 109 - Extra Op 85
110 - Extra Op 101 111 - Extra Op 87 112 - Main Op 28 113 - Main Op 33 114 - Main Op 30 115 - Extra Op 113 116 - Main Op 31 117 - Extra Op 115 118 - Main Op 32 119 - Extra Op 117
120 - Main Op 33 121 - Ao chegar no capítulo 5, escute todos os Briefing Files de Chico. Em seguida vá até a Extra Ops 029 e vá para Playa Del Alba. Encontre um gato para rolar uma cutscene. Em seguida a Extra Ops 121 estará liberada. 122 - Extra Op 121 123 - Extra Op 121 124 - Extra Op 123 125 - Extra Op 123 126 - Extra Op 125 127 - Extra Op 126 128 - Extra Op 127 + Main Ops 033