Protoplasma são aqueles fluídos brilhantes que ficam girando, são encontrados em locais secretos, ao final da fase antes de enfrentar o Boss (desde que você tenha resolvido o puzzle adicional de cada fase) e após vencer os dois primeiros, porque o último não tem. Serve ainda para dar upgrade nos seu equipamentos dentro do Workshop (localizado na parte inferior direita do Acelerador, desça a escada para achar a máquina, depois escolha o item, adicione o Protoplasma no funil, gire o mecanismo e ao lado dele vai aparecer uma alvanca que libera o novo item. Veja a relação completa nos troféus: Protoplasm survey: the factory , Protoplasm survey: the orchard e Protoplasm survey: the mines .