Existem um total de 21 missões secundárias durante todo o jogo. Estas missões são dadas por NPC’s nas aldeias Aurora Village e Mudpot. A maioria das missões consiste em ir a um determinado lugar, falar com determinada pessoa ou apanhar determinado item. Podem também ir ao menu de quests e ver também qual o estado atual das missões.
Das 21 missões secundárias, 6 delas pertencem ao personagem Fale e uma vez completadas desbloqueiam o “Opposite of Fail“. Outra missão secundária ‘Snowflakes’ dada pelo personagem Bopo desbloqueia o “One Last Wish“.
Abaixo deixo a lista completa de missões secundárias (referentes ao local onde podem ser encontradas) bem como um vídeo que mostra e explica como passar todas as missões. Começo do Jogo
- A New Venture
Aurora Village – The Blacksmith – Reunion – Number One Fan – Lost Time – Out to Dry – C-C-C-COMBO BREAKER – What’s in the Box?
(missões do personagem FALE para o “Opposite of Fail“) – Better than Nothing – Taking Point – Slimed – Reinforcement – Freedom of Movement – Find the Sparklies
“Opposite of Fail“. Outra missão secundária ‘Snowflakes’ dada pelo personagem Bopo desbloqueia o 
“One Last Wish“.