As técnicas Ninjutsu são desbloqueadas após derrotar poderosos chefes. São um total de três, cada uma com características próprias. Confira como desbloquear todas as habilidades especiais.
1. Ninjutsu da Fumaça Sangrenta – relacionado à história. Desbloqueado após matar Genichiro no Castelo Ashina.
2. Ninjutsu da Marioneete – relacionado à história. Desbloqueado após matar os macacos protetores no Templo Senpu.
3. Ninjutsu da Concessão – o único Ninjutsu opcional. Para obter a técnica é preciso seguir alguns passos.
Derrote o Guardião Primata no Vale Submerso; Pelo Ídolo Escultor do Vale Bodhisattva, continue pelo caminho inferior até encontrar uma caverna. Entre nela até se deparar com a Grande Serpente. Pule pelo caminho à esquerda e use o Ninjutsu da Marionete no macaco para distrair a serpente. Então, siga pelo caminho da casa protegida; Chegue às Profundezas de Ashina. No local, encontre a caverna que leva até uma arena circular. Então, é hora de enfrentar o Guardião Primata Imortal que invoca outro Guardião na metade da vida. Mate os dois para conquistar o último Ninjutsu.