O troféu de vencer todos os chefes somente é desbloqueado no Novo Jogo+, isso porque o final Shura – diferente de todos os outros três finais – libera mais dois chefes opcionais. Portanto, recomendação é que mate todos logo na primeira playtrough e deixe somente os opcionais para o Novo Jogo+
Abaixo estão todos os chefes, sub-chefes e suas respectivas localizações.
General Naomori Kawarada – Localização: Cercanias de Ashina – Caminho para o portão. Ogro Acorrentado – Localização: Cercanias de Ashina – Escadaria. General Tenzen Yamauchi – Localização: Cercanias de Ashina – Escadaria. Decapitado – Localização: Castelo Ashina – Escadaria Gyoubu Oniwa – Localização: Cercanias de Ashina -Fortaleza do portão do Castelo. Caçador Shinobi Enshin of Misen – Localização: Propriedade Hirata – Caminho da Propriedade. Juzou, o Bêbado – Localização: Propriedade Hirata – Saguão Principal. Senhora Borboleta – Localização: Propriedade Hirata – Câmara de Audiência Hirata. Touro Flamejante – Localização: Cercanias de Ashina – Portão do Castelo Ashina. General Kuranosuke Matsumoto – Localização: Castelo Ashina. Seven Ashina Spears – Shikibu Toshikatsu Yamauchi – Localização: Castelo Ashina – Reservatório Ashina. Guerreiro Solitário Longswordman – Localização: Castelo Ashina – Reservatório Ashina. Elite de Ashina – Jinsuke Saze – Localização: Castelo de Ashina – Dojo de Ashina. Genichiro Ashina – Localização: Castelo Ashina – Dojo de Ashina. Guerreiro de Armadura – Localização: Templo Senpu – Shugendo. Long-arm Gentipede Sen’un – Localização: Templo Senpu – Cercanias do Templo. Macacos Divinos – Localização: Templo Senpu – Saguão Principal. Olhos da Serpente Shirahagi – Localização: Profundezas de Ashina. Decapitado – Localização: Profundezas de Ashina – Floresta Escondida Tokujiro, o Glutão – Localização: Profundezas de Ashina – Floresta Escondida. Nobre da Névoa – Localização: Profundezas de Ashina – Floresta Escondida. O’rin da Água – Localização: Profundezas de Ashina – Azenha. Monja Corrompida – Localização: Profundezas de Ashina – Azenha. Decapitado – Localização: Vale Submerso – Vale abaixo do santuário Olhos da Serpente Shirafuji – Localização: Vale Submerso – Forte das Armas. Long-arm Gentipede Giraffe – Localização: Vale Submerso – Forte das Armas. Guardião Primata – Localização: Vale Submerso – Vale Bodhisattva.
Os sub-chefes e chefes abaixo são ativados após matar a Monja Corrompida e o Guardião Primata.
Guerreiro Solitário Vilehand – Localização: Castelo Ashina – Dojo de Ashina. Emma, a Lâmina Gentil (desbloqueado somente no final Shura. Veja como ativar este final no troféu “Shura”) – Localização: Castelo Ashina – Dojo de Ashina. Isshin Ashina (desbloqueado somente no final Shura. Veja como ativar este final no troféu “Shura”) – Localização: Castelo Ashina – Dojo de Ashina. O Grande Shinobi Coruja (desbloqueado para os finais Purificação, Retorno e Rompimento da Imortalidade. Veja os troféus para saber como ativar os finais). Localização: Castelo Ashina – Dojo de Ashina. Decapitado submerso – Localização: Castelo Ashina – Túmulo Abandonado Grande Serpente – Localização: Templo Sempu. (Chefão Secreto, veja o troféu “A Grande Serpente” para saber mais detalhes). Imortal Guardião Primata – Localização: Profundezas de Ashina – Piscina de Veneno.. Monja Corrompida – Localização: Palácio da Nascente. Touro Cerejeira do Palácio – Localização: Palácio Nascente – Flower Viewing Stage. Líder Okami Shizu – Localização: Palácio Nascente – Grande Cerejeira. Decapitado submerso – Localização: Palácio da Nascente – Grande Cerejeira. Guerreiro de Mil Faces – Localização: Palácio da Nascente – Ponte das Flores. Grande Carpa Colorida – Localização: Palácio Nascente. (Chefão Secreto, veja o troféu “A Grande Carpa Colorida” para saber mais detalhes). Guerreiro de Mil Faces – Localização: Masmorra Abandonada – Canal subterrâneo. Ogro Acorrentado – Localização: Castelo Ashina – Antecâmara. (disponível somente endgame). Guerreiro Solitário Masanaga the Spear-Bearer – Localização: Castelo Ashina – Santurário da Grande Serpente (disponível somente endgame). Divino Dragão – Localização: Palácio da Nascente – Santuário.
Todos os chefes abaixo surgem após enfrentar o Divino Dragão no Palácio da Nascente.
Seven Ashina Spears – Shume Masaji Oniwa – Localização: Castelo Ashina – Reservatório Ashina. Shigekichi da Guarda Vermelha – Localização: Cercanias de Ashina – Escadaria. Elite de Ashina – Ujinari Mizuo – Localização: Castelo de Ashina – Dojo de Ashina. Guerreiro de Mil Faces – Localização: Profundezas de Ashina – Piscina de Veneno. Demônio do Rancor – Localização: Cercanias de Ashina. (Chefe Secreto, veja o troféu “O Demônio do Rancor” para mais detalhes). Isshin, a Divindade da Espada – Localização: Castelo Ashina – Reservatório Ashina.
Por último, abaixo está a lista de chefes disponíveis somente ao seguir a história do Final Purificação (veja o troféu “Purificação” para mais detalhes).
Guerreiro Solitário Masanaga Spear-Bearer – Localização: Propriedade Hirata (2ª versão). Juzou, o Bêbado – Localização: Propriedade Hirata – Saguão Principal (2ª versão). O Grande Shinobi Coruja – Localização: Propriedade Hirata – Câmara Audiência Hirata (2ª versão).