Ender Lilies possui três finais que são feitos sucessivamente, ou seja, nenhum deles é perdível. O segredo está relacionado aos finais B e C. A diferença é que no final C deve-se equipar a relíquia Tesouro da Proteção, que está relacionada ao troféu Renascimento, e derrotar o último boss, que agora tem duas fases.
O jogo também possui vários colecionáveis, como relíquias, amuletos, entre outros. Seguem os mapas contendo a localização exata de TODOS os colecionáveis do jogo:
