Depois de completar a história uma vez, você desbloqueará o modo Boss Rush. Neste modo você enfrentará Janken e seus 3 comandantes sucessivamente como fez na história, mas com apenas 1 vida. Eles fazem em Jankenpon os mesmos movimentos que fizeram em seus primeiros encontros na história, mas você deve então lutar e derrotá-los. Aqui estão as estratégias:
Gooseka - Jogue pedra e depois tesoura durante Jankenpon. Assim que a luta começar, corra até ele e acerte cerca de 7 a 8 golpes. Afaste-se para se esquivar do primeiro lançamento do orbe, depois volte para ele e continue a acertá-lo rapidamente. Você deve derrotá-lo antes que ele lance outro orbe.
Chokkina – Jogue uma tesoura e depois papel durante o Jankenpon. Assim que a luta começar, corra até ele rápido e bata nele continuamente. Na verdade, você deve ser capaz de derrotá-lo antes que ele termine de pisar e chover meteoros.
Parplin – Jogue pedra e depois tesoura durante Jankenpon. Assim que a luta começar, desvie de seus saltos e chegue perto dele conforme ele se aproxima do lado oposto. Obtenha cerca de 2 golpes e depois recue para se mover entre as nuvens de tempestade. Continue este processo para derrotá-lo com segurança. Se quiser, você pode tentar acertar alguns golpes extras conforme ele desce após cada salto. Apenas tome cuidado para não tocá-lo acidentalmente.
Janken, o Grande – Jogue papel nas duas vezes durante Jankenpon. Assim que a luta começar, mova-se rapidamente ao lado dele e comece a socar. Você deve ser capaz de derrotá-lo facilmente antes que ele se mova ou solte espinhos, já que todos os seus projéteis voarão sobre sua cabeça.