No mapa, ao lado dos locais para fazer bombas existem sempre pombais na parede por onde você pode enviar seus recrutas (dá pra fazer nas torres também). Basta enviar seus assassinos aos poucos para as cidades dominadas pelos templários. No começo concentre suas forças só nas primeiras da lista. Depois de alcançar 12 recrutas com no mínimo nível 9, comece a enviar para todas as outras cidades. Porém você terá que ficar atento sempre pois elas nunca serão 100% dos assassinos, então o controle que você têm (no máximo 50%) poderá diminuir, e os inimigos irão cercar a região. Mas é só ficar sempre atento a cada localização e envie os recrutas nas missões mais adequadas.
No decorrer do jogo serão liberados assassinos para se integrarem a ordem bem como cidades com missões a serem realizadas pelos novos recrutas. Na cidade inteira são espalhadas locais para acesso as missões, basta acessar uma e designar um recruta a alguma missão, após todas estarem sobre o controle dos assassinos, o cai.