Você precisa terminar o Story mode com todos os 12 personagens, conforme você vai enfrentando os personagens nas fases neste modo, eles vão desbloqueando na tela de seleção.
O Story Mode é composto por 7 fases, muita atenção na ultima fase, é a única com uma certa dificuldade, porém basta pegar o jeito.
Dica 1: Guarde a Digivolução para o Ebemon que vem acompanhado de 2 Apemons e alguns Goblimons.
Dica 2: No Chefe final, se você estiver com alguma evolução que tenha projétil a longa distância, basta ficar apertando direto o projetil e mandar Super quando a barra encher, se vc não tive um Digimon com projétil, defenda e espere ele parar de bater e contra ataca, repete isso até matar, cuidado pois o seu HP vai embora muito rápido quando leva dano.