São necessários coletar 1000 Ether Chips, que são aqueles pontos de habilidades que são dados para upar as naves. A barra de upgrade dos ether chips fica no canto inferior esquerdo, ela se enche ao utilizar as habilidades especiais das naves e quando se mata um boss da fase.
O modo mais rápido que encontrei foi o seguinte.
Jogue no modo arcade, na 5ª fase com a nave da Sophia sem customizar. Upe apenas a primeira e a terceira habilidade ao máximo, ficará restando 3 Eter Chips. Jogando usando a habilidades apenas até chegar ao boss. No boss, Fique usando apenas a habilidade que não upou, que é uma espécie de laser, que ficará atingindo o boss em vários ângulos (pode usar ela com o especial do L2 que faz durar mais uma tecnica especifica) e upando mais rápido a barra de ether chips. Ao esgotar a barra, morra para que ela se encha novamente, continue assim até finalizar o boss.
Com esse método, é perfeitamente possível pegar 16 Ether chips em uma única partida. Esse é o modo mais rápido que vi até agora.