Teoricamente você teria que terminar o jogo em menos de 1 hora em uma jogada e sem sair do jogo, e ainda por cima o tempo contabilizado, é o tempo real. Por exemplo: Se você inicia às 16:00, você teria que terminar antes das 17:00 e pausar o jogo ou tentar fazer backup do save, só irá perder tempo.
Porém existe uma maneira muito mais simples (não sei se algum dia eles irão consertar com alguma atualização, portanto é bom fazer logo esse troféu). Posso afirmar que não precisa fazer o troféu sem sair do jogo, o que funcionou para mim foi:
Depois de zerar pela primeira vez, você estará dentro da sua nave. Mude o relógio do PS4 para 20 minutos antes do seu primeiro troféu. Agora faça todo o caminho até o último Boss e mate o mesmo. Após isso, você terá que passar por uma outra fase curta e dar o último tiro no Boss. Após aparecer o Warp Core, pegue-o para o troféu aparecer. Claro que esse esquema também funciona na sua primeira jogada, apenas altere a hora conforme descrito acima, momentos antes de enfrentar o último Boss.
OBS: Segundo relatos, no VITA também funciona o esquema de alterar a hora.