quando eu fiz pela primeira vez meus troféus bugaram tbm, eu não entendi o porque mas eu recomecei o jogo e a cada capitulo que eu fazia eu olhava no menu de seleção de capítulos pra ver se eles estavam completados como delta e lá estavam, foi meio chato repetir o jogo no delta mas foi bom quando no final eu consegui completar, basta ir checando pra ver se não bugou algum check point ou um personagem koreano por exemplo fica te olhando e não faz nada, aí tem que recomeçar a fase toda
Se essa for sua segunda jogada não há necessidade de ficar entrando em combate toda hora, use o cloak e quando estiver acabando se jogue no meio de alguma moita ou em algum canto onde inimigo algum veja e se agache/rasteje segurando até recarregar a energia pra repetir o processo (sempre que tiver inimigo na área, se for a segunda jogada saberá quando). Em muitos casos compensa demais fazer os objetivos secundários pra facilitar sua vida nos objetivos principais. Nesses 3 primeiros capítulos você pode ignorar 90% dos inimigos simplesmente passado longe das patrulhas e dos postos avançados, mas quando for necessário, é só usar armas com silenciador ou Sniper para em seguida ativar o cloak (e dar a volta nos inimigos que vão deslocar até onde você deu o tiro).
e quando estiver acabando se jogue no meio de alguma moita ou em algum canto onde inimigo algum veja e se agache/rasteje segurando 
até recarregar a energia pra repetir o processo (sempre que tiver inimigo na área, se for a segunda jogada saberá quando). Em muitos casos compensa demais fazer os objetivos secundários pra facilitar sua vida nos objetivos principais. Nesses 3 primeiros capítulos você pode ignorar 90% dos inimigos simplesmente passado longe das patrulhas e dos postos avançados, mas quando for necessário, é só usar armas com silenciador ou Sniper para em seguida ativar o cloak (e dar a volta nos inimigos que vão deslocar até onde você deu o tiro).