Challenge Mode está disponível depois de completar o jogo uma vez. Ele pode ser acessado a partir do menu principal. Ao jogar no modo Challenge, tudo a partir de sua imagem anterior, com exceção de seus gadgets e as chaves do cofre, irá transitar. Você terá uma chance para aumentar o limite da quantidade de nanotecnologia (de saúde) você tem, aumentando a capacidade para um máximo de 200 em vez do 100 na jogada inicial. A armadura Nether também estará disponível em um fornecedor de armadura, o que é necessário para o Armored and Dangerous troféu. O limite de nível para cada arma irá aumentar para uma capacidade de nível 6. Uma vez que você subir de nível a arma para o nível 3, uma versão omega de que arma estará disponível em uma máquina fornecedor. Também estão incluídos no Challenge Mode é o multiplicador de Bolt. Você terá a chance de fazer até dez vezes a quantidade de parafusos que você faria normalmente, fazendo parafusos muito mais fácil de ganhar. Se você for atingido, no entanto, o seu multiplicador parafuso irá repor. Os inimigos também vai crescer mais forte à medida que se tornam mais fortes, causando muito mais danos e ter muito mais saúde.