Histórias secundárias são todas as interações que Sonic faz com as projeções de personagens como Amy, Knuckles, Tails e Sage. Alguns são obrigatórios para progredir na história, os demais recomendo deixar para depois que tiver liberado todo o mapa de cada uma das ilhas. Assim, você saberá a localização de todos e pode usar o fast-travel para ir o mais próximo possível deles.